Der Gesamt-Phosphor Gehalt wurde im Jahresmittel von ca. 160 µg/l auf etwa 40-50 µg/l gesenkt.
Ein sehr wichtiges Qualitätsmerkmal ist die sogenannte Eutrophierung. Die Eutrophierung fasst den Vorgang der zunehmenden Anreicherung eines Gewässers mit Pflanzennährstoffen und die dadurch verursachten Prozesse, die einen fortschreitenden Verfall des Gewässers bewirken, zusammen. Es gibt vier Stufen der Trophie (Nährstoffmenge):
| polytroph | eutroph | mesotroph | oligotroph |
sehr hohe Nährstoff-menge | hohe Nährstoff-menge hohe | mittlere Nährstoff-menge | wenige Nährstoffe |
| enorme Algen-vermehrung, meistens mit vielen Blaualgen | Algen-vermehrung manchmal Algenblüte | mittlere Algen-vermehrung Algenblüte manchmal möglich | wenige Algen |
| sehr wenig Sauerstoff | wenig Sauerstoff | mittlere Sauerstoff-menge | viel Sauerstoff |
Die Wasserqualität des Neusiedler Sees bewegt sich heute zwischen mesotroph und oligotroph und ist damit ausgezeichnet. Obwohl der See überall Badewasser-Qualität aufweist, sind die Uferzonen (z.B.: Freibäder) stärker belastet als das freie Wasser in der Seemitte.
Eine Anmerkung noch zur - vor allem im Tourismus - oft strapazierten "Trinkwasser-Qualität". Kein österreichischer Badesee weist Trinkwasserqualität auf. Dazu müsste das Wasser allen Anforderungen für echtes Trinkwasser entsprechen. Das Wasser des Neusiedler Sees ist sehr sauber und - Segler und Surfer können dies bestätigen - kann auch bedenkenlos geschluckt werden. Aber es unterscheidet sich klarerweise vom Trinkwasser im Haushalt. Dieses unterliegt wesentlich strengeren Auflagen.